井戸謙一裁判長は「住基ネットからの離脱を求めている原告らに適用する限りにおいて、改正法（住民基本台帳法）は憲法１３条に違反する」と述べ、石川県に対し、「（氏名、住所、生年月日、性別の４情報などの）本人確認情報を、国や地自センターに提供してはならない」とし、住基ネットから原告の個人情報の削除を命じた。慰謝料請求については棄却した。
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井戸裁判長は判決で、住基ネットの安全性について「住民票コードを使って名寄せされる危険性が飛躍的に高まったというべきである」などとし、「住基ネットによる原告らのプライバシーの侵害は相当に深刻」と指摘。
　「住基ネットの行政事務の効率化自体は正当な行政目的であるが、プライバシーを犠牲にしてまで達成すべき必要があるとは言えない」と結論づけ、「プライバシーの権利を放棄していない原告ら」という限定ながら、個人の尊重をうたった憲法１３条に違反するとした。